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• Les groupes thématiques permanents ont pour rôle la veille, l’initiation, le montage, le suivi des projets ainsi que la synthèse et la valorisation des résultats.

Chaque groupe thématique repose sur 6 à 8 personnes représentant la diversité des partenaires, des modes de production et des régions productrices. Ils s’appuient sur un cercle élargi pour la remontée des questions à traiter et la diffusion des résultats. L’animation est assurée par un binôme nommé par le comité stratégique. Une personne en charge de la valorisation est désignée au sein de chaque groupe thématique.

         - GT « Système » (transversal et apportant un cadre méthodologique cohérent aux activités du GIS)
         - GT « Eau et Fertilisation »
         - GT « Génétique »
         - GT « Bioagresseurs », en charge de la protection des cultures contre les maladies et les ravageurs.
         - GT « Gestion de la flore adventice »

• Pour certains thèmes, encore peu abordés dans les travaux du GIS, des groupes exploratoires temporaires sont créés. Ils ont pour objectifs de réaliser un état des lieux, une analyse des besoins et de proposer des projets.

          - Agriculture numérique, agro-équipements et robotique,
          - Couverts végétaux et plantes de services,
          - Agriculture péri-urbaine.

• Dans un souci d’intégrer les questions relatives aux productions légumières dans des problématiques plus larges, des collaborations avec d’autres structures partenariales (GIS, RMT, UMT…) seront recherchées ; ces  animations transversales concernent :

          - La qualité des produits,
          - Les indicateurs d’état du sol

• De plus, l’élargissement des objectifs du GIS suppose une attention accrue à l’intégration de dimensions économiques et sociales dans la mise au point et la dissémination des nouveaux systèmes de culture à bas intrants. Le GIS encouragera des recherches interdisciplinaires mobilisant les chercheurs en sciences économiques et sociales et des partenariats avec des programmes plus centrés sur les dimensions humaines et économiques de l’innovation et de la transition agroécologique.